“科技支新”工程是中科院实施科技援疆的一项重要抓手，围绕新疆特色优势资源综合开发等领域的科技需求，通过专项资金的引导，与地方社会资源相结合，实现中科院科技成果转移和产业化项目的孵化，促进新疆经济社会发展和人才队伍建设。

    2010年，中科院党组决定在“十二五”期间每年“科技支新”工程支持经费提高至1000万元。目前，“科技支新”工程支持的78个在研项目，中科院在新疆地区共投入经费4283万元，拉动社会投入超过6.11亿元，中科院与社会投入比率达到1:14。中科院绩效统计数据显示，78个“科技支新”工程项目以及中科院成熟技术成果在新疆的转移转化，2013年为新疆区内企业新增销售收入33亿元。“科技支新”工程实施以来，共培育12个农业新品种，累计示范推广面积200万亩，获得的国家发明和实用新型专利109项，开发新产品67个，新技术（新工艺）29个，建成生产线18条，为企业培训技术人员2286人次，30万农牧民从中获益。自2009年“科技支新”工程实施以来，成果转化形成产值到2013年已达33亿元，有力地促进了自治区经济社会发展。还联合自治区企业承担了4项战略性新兴产业项目。